Das Selbstverwaltungsrecht der Gemeinden ist in Artikel 11 und 83 der Bayerischen Verfassung verankert. Den Gemeinden wird damit ein hohes Maß an Verantwortung für die Entscheidungen innerhalb ihres Hoheitsgebietes übertragen. Die laufenden Angelegenheiten obliegen dem Ersten Bürgermeister und der Gemeindeverwaltung. Entschlüsse von grundsätzlicher Bedeutung treffen die gewählten Volksvertreter im Gemeinderat. Dieser ist in der Regel in seiner Gesamtheit zuständig, sofern er nicht seine Befugnisse an einen Ausschuss übertragen hat. Der Neubiberger Gemeinderat setzt sich aus 24 Gemeinderatsmitgliedern und dem Ersten Bürgermeister zusammen.

Die Gemeinderatswahl im Zuge der allgemeinen Kommunalwahlen in Bayern am 2. März 2008 wurde wegen zwei Formfehlern aufgehoben. Aus diesem Grund wurde der Neubiberger Gemeinderat am 29. März 2009 neu gewählt. Die neuen Gemeinderatsmitglieder haben mit ihrer Vereidigung in der konstituierenden Sitzung am 20. April ihr Amt angetreten. Sie bleiben bis zum Ablauf der Wahlzeit der allgemeinen Kommunalwahlen am 30. April 2014 in ihrer Funktion. Den Vorsitz im Gemeinderat hat Erster Bürgermeister Günter Heyland (Freie Wähler N@U). Aus der Mitte des Gemeinderats wurde  Hartmut Lilge (CSU) zum zweiten und  Clemens Knobling (SPD-N.U.B) zum dritten Bürgermeister gewählt.

Fraktion	Stimmen in Prozent	Sitzverteilung	Vergleich zur Wahl 2008
CSU	25,9	6	minus 3 Sitze
SPD-N.U.B.	15,5	4	minus 4 Sitze
Grüne/ödp	14,4	4	unverändert
FDP	9,1	2	unverändert
USU 100 % Uni	5,8	1	unverändert
FW.N@U	29,3	7	plus 7 Sitze

Die Wahlbeteilung der circa 11.000 wahlberechtigten Bürger lag bei 39,7 Prozent.